Сначала «Сибирские Афины» выходили как приложение к газете «Красное знамя» (1990–1991), в 1993 году в виде приложения-вкладыша к газете «Народная трибуна». С 1994 года — литературно-художественный альманах «Сибирские Афины», в 2007 году — журнал Дома искусств и ассоциации творческих союзов. С 1991 по 1992 годы приложением к изданию выходил альманах «Томская старина».

Редактором альманаха был известный томский писатель и поэт Александр Иннокентьевич Казанцев. В редколлегию альманаха в разные годы входили многие томские писатели: Борис Климычев, Виктор Колупаев, Татьяна Мейко и другие.